方法論的問題

　　在慈濟大學教授體質人類學的陳叔倬，以及致力於西拉雅文化的西拉雅族人段洪坤，共同在學術期刊上發表〈平埔血源與台灣國族血統論〉，對林媽利的 2007 年新論點提出方法上的質疑。[11] 首先，他們質疑林媽利的數據前後矛盾。在人類組織抗原 (HLA) 方面，2000-2001 年的林媽利指出 13% 臺灣人的單倍型來自原住民；為何 2007 年的數據變成 52%？在粒腺體 DNA 方面，2006 年的林媽利指出臺灣人有 26% 擁有來自原住民的母系血緣；為何 2007 年的數據變成 47%？

　　其次，在三個基因系統當中，只要有一個與原住民相同，就被林媽利歸類為原住民血統。然而，人類的基因有數萬個。只要分析更多基因，則任一基因系統與原住民相同的比例就會愈高。陳叔倬與段洪坤指出：「如此持續的進行更多的基因系統分析，可以得到99.99% 臺灣漢人都有原住民血統的結論。」第三，根據同樣的計算方式，只要有一個基因與亞洲大陸族群相同，也可歸類為亞洲大陸血統。如此一來，可得出 87% 臺灣人帶有亞洲大陸的血統。為何林媽利只選擇性地公布85% 臺灣人帶有臺灣原住民的血統呢？

　　林媽利在回應陳叔倬與段洪坤的文章中，並未回答上述三個問題，而是質疑他們的動機。林媽利指出陳叔倬與中國復旦大學有合作關係，「他的為文攻擊臺灣的研究是不是為了配合中國復旦大學同事的論調？是不是有漢人血統論的政治意圖？」[12]

　　陳叔倬與段洪坤再次回應：「林媽利醫師選擇迴避我們的質疑，卻花較多篇幅提出非關〈平埔血源與台灣國族血統論〉內容的問題。」他們要求林媽利正面回應他們的三個問題。此外，陳叔倬與段洪坤反批：「林媽利醫師單純認為屬於科學研究的祖源基因檢驗，其本質更存在著政治意圖。」他們引述人類學者 Brodwin 的警告：「利用特殊的遺傳指標排列、或 Y 染色體與粒線體 DNA 上獨特的變異來確認我們與祖先的關聯性，不僅僅是實驗室中的技術問題，更是一種政治問題：在我們社會中，誰會去進行檢驗？誰提供這種服務？給予遺傳數據意義者又是誰？這不僅僅是遺傳或是生物研究，同樣也是政治運動，因為這牽涉到個人與族群、種族、或國族群體意識之間的擁抱與背離。」[13]

各說各話

　　林媽利並未再回應陳叔倬與段洪坤，而是將她過去關於臺灣人基因研究的文章與講稿集結成書：《我們流著不同的血液》。在序中，林媽利暗指陳叔倬與段洪坤是北方漢人血統論者，並宣稱要「堵住臺灣人的北方漢人血統論者的嘴巴」(頁11)。由於這本書是集結林媽利不同年代的作品，因此，同一本書當中出現許多不一致的結論。例如，頁 79 與頁 199 指出「臺灣人 13% 的基因是來自原住民」；頁 64 指出「臺灣人有 26% 擁有來自原住民的母系血緣」；頁 112 指出「85% 的臺灣人是帶有臺灣原住民的血緣」；頁 48 指出「原本推測臺灣人 85% 帶有原住民基因的結果，頻率可能需要再向上修正」。[14]

　　2009 年，陳叔倬取得史丹福大學人類學博士學位。他的博士論文分析了 172 個平埔族 (包括巴宰族、西拉雅族) 樣本、34 個居住在西拉雅吉貝耍部落 (位於臺南縣) 的漢人樣本、138 個臺南漢人樣本，並對照已發表的高山原住民基因數據與中國漢人基因數據。值得一提的是，對於平埔族樣本的認定，陳叔倬採取不同於林媽利的方式。在林媽利的研究中，只要受試者說他是平埔族，這個樣本就被放到平埔族中。因此，一個實際上沒有平埔族血統的受試者，可能藉由自我宣稱而成為平埔族樣本，並使其他沒有平埔族血統的樣本也被鑑定為平埔族。陳叔倬則結合日本時代的戶籍資料，確認受試者的家庭從 19 世紀末以來未曾與漢人通婚，才算是平埔族樣本。他的分析結果顯示，臺南漢人的基因較接近中國南方漢人，不同於平埔族。至於居住在吉貝耍部落的漢人，其父系血緣較接近臺南漢人與中國南方漢人；其母系血緣較接近吉貝耍的平埔族。[15]


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